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Conformément à ses statuts, le conseil de la Fondation Balzan "Prix" fixe les catégories, le nombre et le montant des prix Balzan. Le nombre de prix par an peut être limité à deux, voire un, en fonction des moyens financiers disponibles.

1979 – 1987: CHF    750 000 = 3 prix de CHF    250 000
1988 – 1990: CHF    900 000 = 3 prix de CHF    300 000
1991 – 1995: CHF 1 050 000 = 3 prix de CHF    350 000
1996 – 1998: CHF 1 500 000 = 3 prix de CHF    500 000
1999 – 2000: CHF 2 000 000 = 4 prix de CHF    500 000
*La moitié de cette somme doit être réinvestie par le lauréat dans des projets de recherche.

La Fondation Internationale Prix Balzan "Fonds" a été créée en 1961. Sise à Zurich, elle possède sa propre personnalité juridique et est soumise au droit suisse. Elle est dirigée par un conseil de fondation composé de sept membres, dont deux représentent les gouvernements suisse et italien. La Fondation Balzan "Fonds" est une fondation d’utilité publique selon le droit suisse. Elle est placée sous la surveillance du Département fédéral de l’Intérieur.

La Fondation Balzan "Fonds" a pour but de "recueillir, sauvegarder et administrer son patrimoine pour mettre à la disposition de la Fondation Internationale Prix Balzan "Prix" les moyens financiers nécessaires à la réalisation de ses finalités".

Le conseil de fondation de la Fondation Balzan "Fonds" informe qu'il a chargé quatre banques suisses renommées de gérer sa fortune. Cette gestion obéit à des directives de placement claires et prudentes, semblables à celles adoptées par les investisseurs institutionnels tels que les caisses de pension publiques. Le conseil de fondation a ainsi exclu tout investissement dans des titres spéculatifs ou des produits structurés.

Grâce à l’augmentation constante de ses revenus dans les années 1990, la Fondation Balzan "Fonds" a pu relever progressivement le montant à disposition pour les prix Balzan. Cette politique s’inscrit dans la droite ligne de ses statuts, selon lesquels les revenus tirés des investissements ne doivent pas être thésaurisés mais utilisés pour réaliser les objectifs de la Fondation "Prix".

Toutefois, en raison de l’insécurité persistante sur l’évolution des marchés financiers et du faible niveau actuel des revenus sur capitaux, le conseil de fondation de la Fondation Balzan "Fonds" s’est vu contraint, par mesure de précaution, de réduire le montant à trois millions pour l’année 2011. Cette décision tient également compte de la forte réévaluation du franc suisse par rapport à l’euro et au dollar américain. La Fondation Balzan "Prix" remettra donc en 2011 quatre prix de 750 000 francs suisses chacun, dont la moitié devra toujours être investie dans des projets de recherche.