Die alljährlich zu vergebenden Balzan Preise werden vom Preisverleihungskomitee ausgewählt und in den Kategorien Geistes- und Sozialwissenschaften sowie Kunst als auch Physik, Mathematik, Naturwissenschaften und Medizin vergeben. Die vier Balzan Preise, zwei pro Kategorie, werden an Forscher, Wissenschaftler bzw. Künstler vergeben, die in ihrem Tätigkeitsbereich international anerkannte Leistungen erbracht haben.
Die vier konkret auszuzeichnenden Fachgebiete wechseln von Jahr zu Jahr. Dieser Wechsel der Preisgebiete stellt eine Besonderheit des Balzan Preises dar. Denn auf diese Weise gelingt es, neue wegweisende Forschungszweige, welche von anderen wichtigen Preisen häufig vernachlässigt werden, zu würdigen und zu unterstützen.

Seit 2001 müssen die Preisträger laut Statuten die Hälfte der Preissumme für Forschungsprojekte verwenden, an denen vorzugsweise junge Wissenschaftler beteiligt sind.

Das Preisverleihungskomitee hat angekündigt, im Jahr 2017 Preise in den folgenden Gebieten zu vergeben:

- Kollektives Gedächtnis
- Gender Studies
- Immunologische Ansätze in der Krebstherapie
- Die Planeten des Sonnensystems und die Exoplaneten

Der Preis für Humanität, Frieden und Brüderlichkeit unter den Völkern ist ein Sonderpreis, der von der Balzan Stiftung in unregelmässigen Zeitabständen von nicht weniger als drei Jahren vergeben wird. Diese Auszeichnung geht an eine Person oder Einrichtung, die sich durch besondere humanitäre Leistungen hervorgetan hat.

Das Preisverleihungskomitee der Stiftung "Preis" wählt jährlich die Preisträger aus Kandidatenvorschlägen aus, die von international renommierten Kultur- und Wissenschaftseinrichtungen (Universitäten, Forschungsinstituten, Akademien) sowie von namhaften Persönlichkeiten, deren sachliche Zuständigkeit vom Komitee anerkannt ist, erbeten werden. Die Vorschläge müssen bis spätestens 15. März jeden Jahres mit folgenden Unterlagen übermittelt werden: Begründung des Vorschlags, Liste der wichtigsten Veröffentlichungen und Lebenslauf. Eigenkandidaturen werden nicht berücksichtigt.

Die Vorgehensweise beim Sonderpreis für Humanität, Frieden und Brüderlichkeit unter den Völkern verläuft anders als bei den jährlichen wissenschaftlichen Preisen: die Statuten sehen dafür die Bildung einer Vorbereitungskommission vor. Diese Kommission besteht aus sechs Balzan Mitgliedern, von denen drei dem Stiftungsrat der Stiftung "Preis" und drei dem Preisverleihungskomitee angehören. Die Vorbereitungskommission trifft sich mehrfach zur Auswahl der vorgebrachten Kandidaturen, bis eine oder mehrere begründete Endvorschläge formuliert werden können. Die endgültige Entscheidung obliegt dem Preisverleihungskomitee.